【2026年10月1日から】在留申請の手数料が大幅改定｜オンライン申請は収入印紙が使えなくなります
gura2出入国在留管理庁は、2026年10月1日から在留資格変更許可・在留期間更新許可・永住許可にかかる手数料の額を改定することを公表しています。あわせて、在留申請オンラインシステムで申請した場合の手数料の納付方法も、収入印紙からコンビニ決済・銀行決済へと変わります。
改定幅が大きく、また「申請日がいつか」で適用される手数料が変わるため、この秋に更新や変更、永住申請を控えている方は早めに内容を押さえておく必要があります。行政書士の視点から、実務上のポイントを整理します。
1．大きな変更点は「在留期間に応じて手数料が変わる」こと
これまで在留資格変更許可と在留期間更新許可の手数料は、期間にかかわらず一律でした（窓口6,000円、オンライン5,500円）。
改定後は、許可を受ける在留期間の区分に応じて手数料の額が決まる仕組みに変わります。出入国在留管理庁のリーフレットに掲載されている改定後の額は次のとおりです。
在留資格変更許可・在留期間更新許可（改定後）
| 許可期間 | 窓口申請 | オンライン申請 |
|---|---|---|
| 3月以下 | 10,000円 | 10,000円 |
| 3月超6月以下 | 18,000円 | 15,000円 |
| 6月超1年未満 | 25,000円 | 21,000円 |
| 1年 | 33,000円 | 27,000円 |
| 1年超3年未満 | 48,000円 | 42,000円 |
| 3年以上5年未満 | 64,000円 | 56,000円 |
| 5年以上 | 75,000円 | 65,000円 |
永住許可（改定後）
| 許可の内容 | 改定前 | 改定後（窓口） |
|---|---|---|
| 永住許可 | 10,000円 | 200,000円 |
永住許可については、10,000円から200,000円へと大幅に引き上げられます。永住申請を検討している方には、費用面で最も影響の大きい改定です。
2．適用の境目は「申請の受付日」
改定後の手数料が適用されるのは、2026年10月1日以後に受付をした申請です。2026年9月30日までに受付をした申請については、その許可や交付が10月1日以降になっても、改定前の手数料での納付となります。
つまり、9月中に申請を済ませておけば、許可が11月に出たとしても旧料金（変更・更新なら窓口6,000円／オンライン5,500円）で済むということです。永住許可であれば1万円と20万円の差になりますので、この違いは決して小さくありません。
申請受付日は、「申請受付仮番号」または「申請受付番号」のお知らせメールで確認できるとされています。
3．オンライン申請は収入印紙が使えなくなります
改正入管法施行令と併せて出入国管理及び難民認定法施行規則も改正され、在留申請オンラインシステムで受け付けた申請に対する許可・交付を受ける場合の手数料は、出入国在留管理庁長官が指定する事業者に委託する方法で納付することとなりました。
これにより、オンライン申請分はコンビニ決済または銀行決済に変わります。銀行決済はインターネットバンキングを利用すればキャッシュレスでの納付も可能です。一方で、クレジットカード決済およびQRコード決済には対応していません。また、一部のコンビニは対応していないとされているため、事前に確認が必要です。
キャッシュレス決済の対象となるのは、2026年10月1日以降にオンラインで申請したすべての在留諸申請です。逆に、10月1日以降に窓口で申請した場合は、従来どおり収入印紙での納付となり、キャッシュレス決済は利用できません。
オンライン申請には別途「決済手数料」がかかります
見落としやすいのですが、オンライン申請の場合、手数料本体とは別に指定決済代行事業者への決済手数料が必要です。実際に支払う合計額は次のとおりです。
| 許可期間 | 手数料 | 決済手数料 | 支払額合計 |
|---|---|---|---|
| 3月以下 | 10,000円 | 330円 | 10,330円 |
| 3月超6月以下 | 15,000円 | 330円 | 15,330円 |
| 6月超1年未満 | 21,000円 | 330円 | 21,330円 |
| 1年 | 27,000円 | 330円 | 27,330円 |
| 1年超3年未満 | 42,000円 | 330円 | 42,330円 |
| 3年以上5年未満 | 56,000円 | 550円 | 56,550円 |
| 5年以上 | 65,000円 | 550円 | 65,550円 |
再入国許可と就労資格証明書の交付については、手数料そのものの額は変わりませんが、オンライン申請の場合は同様に決済手数料が加算されます。
| 許可の内容 | 手数料 | 決済手数料 | 支払額合計 |
|---|---|---|---|
| 再入国許可（1回限り） | 3,500円 | 220円 | 3,720円 |
| 再入国許可（数次） | 6,500円 | 220円 | 6,720円 |
| 就労資格証明書の交付 | 1,600円 | 220円 | 1,820円 |
決済手数料の額は、コンビニ決済・銀行決済のいずれでも同じです。
4．納付までの流れ
オンライン申請の場合、在留申請オンラインシステムから審査完了メールが届いた後、後日あらためて決済案内のメールが送られてきます。案内に従って手数料を支払う流れです。
納付すべき金額が判明するのは、この決済リンク付きメールを受け取った時点になります。案内メールは利用者情報登録時に登録したメールアドレスに送信されるため、メールアドレスの登録内容と受信設定はあらかじめ確認しておきましょう。なお、納入通知書が紙で送付されることはありません。
窓口申請の場合は、審査終了後に届くハガキに納めるべき手数料の額が記載されます。
5．収入印紙で納付する場合の注意点
窓口申請では引き続き収入印紙による納付となりますが、改定によって必要な収入印紙の額面の種類が変わります。
各地方出入国在留管理官署に入居する売店やコンビニ等では収入印紙の在庫に限りがあるため、審査結果を受け取りに行く際は、可能な限り、ハガキに記載された金額分の収入印紙を規模の大きな郵便局などで事前に購入してから出向くよう案内されています。収入印紙の購入は現金のみですので、この点もご注意ください。購入の際は最低枚数となる組合せでの協力も求められています。
6．手数料の減額・免除の制度もあります
改正後の入管法第67条第3項により、経済的困難その他特別の理由により手数料を減額・免除することが相当である者として政令で定める者については、手数料を減額または免除することができるとされています。
減額の対象となり得るのは、生活保護法に規定する要保護者に準ずる程度に生活に困窮していると認められる者で、かつ人道上の配慮をする必要があるものです。入管庁のQ&Aでは、この両方に該当する必要があり、いずれか一方だけでは減額の対象にならないと明示されています。具体的な想定類型は「在留資格の変更又は在留期間の更新の許可に係る手数料の減額対象者のガイドライン」に示されており、困窮に関して4類型、人道上の配慮に関して難民または補完的保護対象者の認定を受けている者や人身取引等の被害者など12類型が挙げられています。
減額後の手数料は、在留資格変更許可が1万円、在留期間更新許可が1万円、永住許可が2万円です。なお、永住許可で減額の対象となるのは、日本人・永住者・特別永住者の配偶者または子等に限られます。
免除の対象は、外交または公用の在留資格への変更を受ける者、公用の在留資格で在留期間の更新を受ける者、台湾日本関係協会の本邦事務所職員や駐日パレスチナ総代表部職員（およびその同一世帯の家族構成員）としての活動を特に指定されて特定活動への変更または更新を受ける者、といった限られたケースです。
おわりに
在留資格の変更・更新、永住許可申請について、スケジュールの立て方や必要書類のご相談を承っています。「今の在留期限からいつ申請すべきか」「自社の外国人従業員の手続費用がどう変わるか」といったご相談も歓迎です。お気軽にお問い合わせください。
全国対応可！お気軽にお問い合わせください。080-4723-0824受付時間 ：平日9:00-18:00 [ 土・日・祝日除く ]
✉お問い合せフォームからは24時間対応しております！
〈参考〉 出入国在留管理庁「オンライン申請における手数料額及び手数料納付方法について」 出入国在留管理庁「令和8年10月1日付け在留許可手数料の額の改定等について」 出入国在留管理庁「令和8年10月1日以降における在留許可手数料の減額措置又は免除措置について」 出入国在留管理庁「令和8年10月1日付け在留許可手数料の額の改定等に関するQ&Aについて」
※本記事は出入国在留管理庁の公表資料に基づき作成しています。制度の詳細は今後追加で公表される見込みですので、最新の情報は同庁ホームページでご確認ください。
